抗生素抗性标记基因的大量使用将可能严重扰乱自然环境的稳定性，破坏原有的生态平衡;抗性基因可能通过花粉等形式转移到其它类似植物中，导致转基因作物失去效果;转基因作物有可能逃离栽培环境，扩散成杂草，破坏生物多样性